Sasahara Kanji und Saki Kasukabe wechseln auf die Uni und stehen vor einem Problem. Während Sasahara seinen Traum, einem Anime- und Manga-Club beizutreten, verwirklichen will, ist Saki Kasukabe ein absoluter Anti-Otaku und versucht ihren Freund Kosaka Makoto aus seinem Otakuleben zu reißen. Es kommt schließlich wie es kommen musste. Beide, sowohl Sasahara als auch Kosaka, treten dem Gendai Shikaku Bunka Kenkyûkai (kurz: Genshiken) bei. Von nun an muss sich die Freundin von Kosaka mit den Manga und den Aktivitäten der Genshiken herumquälen, denn sie hängt alles daran ihrem Freund das Otaku-Dasein auszureden.